נחל ירקון הוא הגדול שבנחלים הנשפכים לים התיכון בישראל. הנחל מנקז חלק מהרי יהודה ושומרון, מהר גריזים שבצפון ועד אזור מעלה החמישה בדרום. שטח אגן הניקוז של הירקון כ- 1800 קמ"ר, כשמחצית משטח זה-815 קמ"ר מנוקזת על-ידי הגדול ביובליו- נחל איילון. כמות המשקעים הממוצעת באגן ההיקוות של הנחל היא כ- 600 מ"מ בשנה. כל יובלי הנחל הם נחלי אכזב, ורק הירקון היה נחל איתן. לנחל מוזרמים שפכים וקולחין שמקורם בישובים שלאורכו. הנחל עושה את דרכו ממעיינות ראש העין עד לים בפיתולים רבים, ושיפועו הממוצע כ-0.06% שיפוע נמוך זה וכמויות המים הרבות המגיעות לירקון בחורף דרך יובליו גרמו בעבר להצפות. בקטע המורדי של הנחל לאורך כ 4 ק"מ עד לשפך לים, המים מעורבים במי ים ומי שפירים ויוצרים מים מליחים. קטע זה קרוי – אסטואר. יובלי הנחל העיקריים: נחל רבה, נחל קנה, נחל שילה ונחל איילון.
