רשות ניקוז ירקון הוקמה במאי 1997, 36 רשויות מקומיות חברות ברשות הניקוז, מהן 21 עיריות,9 מועצות מקומיות ו-6 מועצות אזוריות. סה"כ השטח המוכרז באחריות רשות הניקוז הוא 40% בלבד משטח האגן כ-800 קמ"ר, בתחום הנמצא מערבית לקו הירוק בו חל החוק הישראלי. בתחום זה הרשות מטפלת בכ-500 ק"מ נחלים ותעלות ניקוז.
שיטפונות חורף 1991/2 גרמו להצפת ולנזקים באזורים רבים במדינה, בעיקר במישור החוף. הצפות אלו העלו לסדר היום הציבורי את עניין תשתית הניקוז במדינה.
הרשות פועלת מכוח צו הניקוז וההגנה מפני שיטפונות (הקמת רשויות ניקוז) (תיקון), התשנ"ז-1996 אשר לפיו קבע שר החקלאות ופיתוח הכפר 11 רשויות ניקוז חדשות במקום 25 רשויות ניקוז שפעלו עד לאותו מועד.
רשויות הניקוז החדשות הוקמו על בסיס אגני ההיקוות, מתוך הבנה שתנאי הכרחי לעיצוב מדיניות מקיפה וטיפול נכון בעורקי הניקוז הוא ניהול כולל על-פי גבולות טבעיים-גבולות אגן היקוות, ע"י גוף ניהולי אחד. התחום המוכרז של רשות הניקוז נחלים וירקון הוא אגן היקוות של נחלים ירקון ואיילון. כל הרשויות המקומיות שבתחום המוכרז של כל רשות ניקוז להיות חברות ברשות שאמורה לפעול להסדרת הניקוז בשטח המוכרז.
בארגון המערך החדש הוגדרו עצמאותן של רשויות הניקוז באופן המאפשר להן פעילות בלתי תלויה ויעילה מבעבר, ושופר מנגנון קביעת היטלי הניקוז וקביעת תכניות עבודה.
מדיניות רשות לדאוג לנקוזם הסדיר של מקורות מים בתחום שנקבע לה בצו המקים, ולשם כך להקים לשנות להחזיק ולפתח מפעלי ניקוז באותו תחום, לרבות הגנה מפני שיטפונות ומניעתם. במסגרת מדיניות זו תפעל רשות הניקוז גם למניעת מפגעי בריאות.
על פי המדיניות הרשות המקומית חייבת להכין תכנית ניקוז להסדרת התעול המקומי ולהגישה לאישור רשות הניקוז, כאשר התיעול המקומי והטיפול בהסדרת הניקוז בשטחים הבנויים הוא באחריות הרשות המקומית.
במגמה לעודד את הרשויות המקומיות להכין ולבצע תוכניות ניקוז בתחומן החליטה הנהלת רשות ניקוז נחלים ירקון על השתתפות רשות הניקוז גם בתיעול המקומי.
על פי מדיניות רשות הניקוז היא אחראית גם בנושאי סביבה ואקולוגיה בתחום אחריותה, כולל "גאולת הירקון", שמטרתו הייתה שיקום נחל ירקון והפיכת גוף המים לצלול ונקי.
בשנים האחרונות הואץ העיור באגן, גדל השטח הבנוי והורחבה התשתית הפיזית על חשבון שטחים פתוחים וחקלאים. הדבר הביא להגדלה ניכרת של כמויות הנגר העילי הזורם לנחלים. תשתית הניקוז המבוססת בעיקרה על מערכת הנחלים הטבעיים, נפגעה קשות כתוצאה מתהליכים אלה.
הנחלים מהווים את מערכת הניקוז הטבעית של האגן ההיקוות שבו הם מתחתרים, וזרימתם משתנה ממקום למקום עקב אופיו של אגן ההיקוות.
בעבר ההתייחסות לנחלים הייתה כאל איום/מטרד שיש להפחית מעצמתו ולמזער את הנזקים לאדם. המדיניות היום של הרשות היא שהנחל הוא גם בית גידול לצמחים ובעלי חיים, אלמנט נופי חשוב וייחודי ואתר לבילוי בחיק הטבע.
מדיניות רשות הניקוז בניהול האגן מכוונת להרחבת סל הפתרונות בעבודות ההסדרה והתחזוקה השוטפת של עורקי הניקוז, ומתבצעת באופן שבו התרומה לטבע ולאדם משולבות זו בזו. בין השאר פועלת רשות הניקוז לפתוח שבילים לרוכבי אופניים והולכי רגל לאורך הנחלים, לרווחת הציבור ומעודדת מיזמים חינוכיים הקשורים לנחלים.
