אחד מיובליו העיקריים של נחל ירקון. תוואי הנחל במעלה בעמק שילה שבשומרון ומתפתל מערבה בוואדיות היורדות דרך מספר שמורות טבע(נחל שילה עילי, נחל שילה וכו'), ממשיך בין מחצבת נחשונים לגן לאומי מגדל צדק עד להתמזגותו לנחל ירקון בק"מ 20.0 של הנחל. נחל שילה חוצה בדרכו מספר צירי תחבורה ראשיים – כבישים 6, 5, 40, מסילת הרכבת המזרחית ועוד. הנחל ברובו עובר בשטחים חקלאיים לצד השקה במורדו לשטחי הבינוי הקיימים והעתידיים של פתח תקווה.