אגן נחל מזור מערב מנקז את חלקה המזרחי של פתח תקווה ואת שטחי מזור, נחלים ורינתיה. עד להסדרת כביש 6 ניקז הנחל גם את נחל מזור המזרחי, עם ההסדרה הצטמצם אגן ההיקוות בכחצי. תוואי הנחל מפאתי רינתיה במעלה דרך חציית כביש 471 באזור מחלף עמישב ועד להתמזגות עם נחל שילה בק"מ 4.0 של הנחל.
