נחל ירקון הינו אחד משני הנחלים הראשיים באגן, המנקז אליו את כל שאר הנחלים והתעלות באגן. תוואי הנחל הראשי מנקז חלק מהרי יהודה ושומרון, מהר גריזים שבצפון ועד אזור מעלה החמישה בדרום. מקטע נחל הירקון מתחיל בנביעות ראש העין בשטחי גן לאומי "ירקון- תל אפק" ומתפתל מערבה עד לשפכו בים התיכון. האפיק הראשי ידוע בפיתוליו ואופיו ה"טבעי" .
בק"מ ה3.0 ממוצא הנחל לים חובר נחל איילון לנחל ירקון באתר "ראש ציפור". בדרכו חוצה הירקון את צירי התחבורה העיקריים במדינה- נתיבי איילון (כביש 20), כביש 4, מסילת החוף של רכבת ישראל ועוד.
