אגן נחל מזור מזרח מנקז את אחת הואדיות היורדות מהשומרון – ממורד בית אריה, את העיר אלעד, חוצה את כביש 6 פעמיים ומתנקז צפונה לנחל שילה באזור מחלף נחשונים (בעקבות הסדרה שבוצעה עם הקמת הכביש). תוואי הנחל דרומית לאלעד, חוצה את כביש 6 מערבה לשטחי מזור, חוצה שנית את כביש 6 מזרחה וממשיך צפונה לאורך כביש 6 (כולל חציית מחלף נחשונים) עד להתמזגותו עם נחל שילה בק"מ 9.5 של הנחל.
