תוואי הנחל במעלה בשומרון, דרומית לשכם וזורם מערבה בוואדיות עד לחצייתו את גדר ההפרדה. בהמשכו עובר דרך יער חורשים בין הישובים אורנית ונירית. לאחר חצייתו את כביש 6 עובר לתוואי מישורי ומתון בשטחים החקלאיים של יישובי דרום השרון. נחל סיר, יובלו העיקרי של נחל קנה חובר אליו בק"מ ה-5.0 של נחל קנה התורם אליו כשליש מגודל האגן. במורד מתמזג נחל קנה לנחל הירקון בק"מ ה-20.8 של נחל ירקון.
