רשויות הניקוז הוקמו מתוקף חוק הניקוז וההגנהמפני שיטפונות התשי”ח 1957 שהגדיר את תפקידן להסדרת תשתיות הניקוז, כל אחת בתחומה.

עד שנת 1996 פעלו 26 רשויות ניקוז בכיסוי של 40% משטח המדינה.

בשנת 96, בעקבות הפקת לקחים משיטפונות חורף 91/92 , בוצע ארגון מחדש של רשויות הניקוז, והחל מ- 1.1.1997 פועלות 11 רשויותניקוז בפריסה ארצית מלאה.

גבולות רשות הניקוז כיום, נקבעו על פי תפיסהאגנית המתייחסת לאגן ניקוז טבעי ושלם שבו שותפים כל השטחים מקו פרשת המים פנימה. בנוסף לשינוי המבני, הורחבו סמכויותיהן של רשויות הניקוז.

משנת 2003, הטיל השר להגנת הסביבה , מתוקף סמכותו בחוק רשויות נחלים ומעיינות, תפקידי רשויות נחל על כל רשויות הניקוז בארץ.