רשות ניקוז ירקון הוקמה במאי 1997, והתחילה לפעול הלכה למעשה רק ביולי אותה שנה. 36 רשויות מקומיות חברות ברשות הניקוז, מהן 21 עיריות,9 מועצות מקומיות ו-6 מועצות אזוריות. סה"כ השטח המוכרז באחריות רשות הניקוז הוא 40% בלבד משטח האגן כ-800 קמ"ר, בתחום הנמצא מערבית לקו הירוק בו חל החוק הישראלי. בתחום זה הרשות מטפלת בכ-500 ק"מ נחלים ותעלות ניקוז.

מערך רשויות הניקוז בישראל:

שיטפונות חורף 1991/2 גרמו להצפת ולנזקים באזורים רבים במדינה, בעיקר במישור החוף. הצפות אלו העלו לסדר היום הציבורי את עניין תשתית הניקוז במדינה. אירועי ההצפות נבדקו ע"י משרד מבקר המדינה וממצאי הביקורת פורסמו באפריל 1993. בעקבות הדו"ח בוצע רה-ארגון במערך רשויות הניקוז במדינה.

בדצמבר 1996 ניכנס לתוקף צו הניקוז וההגנה מפני שיטפונות (הקמת רשויות ניקוז) (תיקון), התשנ"ז-1996 אשר לפיו קבע שר החקלאות ופיתוח הכפר 11 רשויות ניקוז חדשות במקום 25 רשויות ניקוז שפעלו עד לאותו מועד.

רשויות הניקוז החדשות הוקמו על בסיס אגני ההיקוות, מתוך הבנה שתנאי הכרחי לעיצוב מדיניות מקיפה וטיפול נכון בעורקי הניקוז הוא ניהול כולל על-פי גבולות טבעיים-גבולות אגן היקוות, ע"י גוף ניהולי אחד. כך למשל התחום המוכרז של רשות הניקוז ירקון הוא אגן היקוות של נחלים ירקון ואיילון.

על-פי הצו, חלה חובה על כל הרשויות המקומיות שבתחום המוכרז של כל רשות ניקוז להיות חברות ברשות שאמורה לפעול להסדרת הניקוז בשטח המוכרז.

בארגון המערך החדש הוגדרו עצמאותן של רשויות הניקוז באופן המאפשר להן פעילות בלתי תלויה ויעילה מבעבר, ושופר מנגנון קביעת היטלי הניקוז וקביעת תכניות עבודה.

אגן נחל הירקון- איילון

תפקידי רשות הניקוז עפ"י החוק הם לדאוג לניקוזו הסדיר של התחום שנקבע לה בצו המקים, ולשם כך להקים לשנות להחזיק ולפתח מפעלי ניקוז באותו תחום, לרבות הגנה מפני שיטפונות ומניעתם. במילוי תפקידיה אלה תפעל רשות הניקוז גם למניעת מפגעי בריאות.

התיעול המקומי והטיפול בהסדרת הניקוז בשטחים הבנויים הוא באחריות הרשות המקומית. הרשות המקומית חייבת להכין תכנית ניקוז להסדרת התיעול המקומי ולהגישה לאישור רשות הניקוז.

במגמה לעודד את הרשויות המקומיות להכין ולבצע תוכניות ניקוז בתחומן החליטה הנהלת רשות ניקוז ירקון על השתתפות רשות הניקוז גם בתיעול המקומי.

בתחום אגן ההיקוות קיימת רשות נחל ירקון שגבול האחריות שלה הוא רצועה לאורך נחל הירקון מהשפך לים עד מעיינות הירקון שבראש העין, ברוחב של 20 מ' מכל צד של קצה דופן אפיק הנחל, והיא מטפלת גם בנושאי סביבה ואקולוגיה בתחום אחריותה. המיזם המרכזי אותו מקדמת רשות הנחל: "גאולת הירקון", שמטרתו שיקום נחל ירקון, נמצא בשלבים מתקדמים של ביצוע.

נחל ירקון

הוא הגדול שבנחלים הנשפכים לים התיכון בישראל. הנחל מנקז חלק מהרי יהודה ושומרון, מהר גריזים שבצפון ועד אזור מעלה החמישה בדרום. שטח אגן הניקוז של הירקון כ- 1800 קמ"ר, כשמחצית משטח זה-815 קמ"ר מנוקזת על-ידי הגדול ביובליו- נחל איילון.

כמות המשקעים הממוצעת באגן ההיקוות של הנחל היא כ- 600 מ"מ בשנה. כל יובלי הנחל הם נחלי אכזב, ורק הירקון היה נחל איתן.

לנחל מוזרמים שפכים וקולחין שמקורם בישובים שלאורכו.

הנחל עושה את דרכו ממעיינות ראש העין עד לים בפיתולים רבים, ושיפועו הממוצע כ-0.06% שיפוע נמוך זה וכמויות המים הרבות המגיעות לירקון בחורף דרך יובליו גרמו בעבר להצפות.

בקטע התחתון של הנחל לאורך כ-4 ק"מ זורמים בנחל מי ים שמשמשים גם לקירור תחנת הכוח שלידו וזהו מקור הזרימה העיקרי בירקון התחתון במשך מרבית השנה.

יובלי הנחל העיקריים: נחל קנה, נחל שילה, נחל מזור, נחל רבה, נחל הדס, נחל הדרים.

זרימת הגאויות בירקון מורכבת מזרימת שלושת יובליו העיקריים שילה, קנה ורבה הנשפכים לאפיקו כמעט מנקודה אחת ומהווים מערכת נחלים דמויות מניפה. מבנה זה של מערכת ניקוז מגדילה את עוצמת הגאויות מאחר ושיאי הזרימה מגיעים מנחלים אלה בעת ועונה אחת.

נחל איילון

הגדול ביובלי הירקון. אורך הנחל כ-50 ק"מ ושטח אגן ההיקוות שלו כ- 815 קמ"ר וצורתו טרפזית. תחום ההתנקזות שלו מורכב משלשה חלקים שווי ארך: הר, שפלה ומישור. ניתן להבחין בין החלקים האלה לפי מידת ההסתעפות של יובלי הנחל. צפופה בהר, בינונית בשפלה ודלילה במישור. כיוון הזרימה הכללי של הנחל ויובליו הוא מערב, וצפון-מערב. כ-3 ק"מ מחוף הים פונה נחל אילון צפונה, זורם 6 ק"מ ונשפך אל הירקון.

ראשיתו של הנחל מגב ההר באזור רמאללה ובדרכו חוצה שטח הררי מעל מדרונות תלולים וחשופים.

החלק המישורי של האיילון אשר בו מופיעות הגיאויות הגבוהות נמצא ממערב לכביש לוד-פ"ת. בחלק זה נמצאים ישובים צפופים. בשנת 1955 הוקם ליד משמר איילון סמוך למוצא הנחל מההר לשפלה סכר עפר שעוצר את מי הנגר המגיעים אליו.

יובלי הנחל העיקריים: נחל נטוף, נחל בית עריף, נחל שפירים, נחל אזור, נחל מוסדר בשני קטעים: כ-6.5 ק"מ באזור נתב"ג וכ-4.5 ק"מ במסגרת נתיבי איילון.

בנחל ויובליו זורמים שפכים וקולחין שמקורם בישובים שלאורכו. בקיץ השפכים והקולחין נשאבים למתקני השפד"ן בסכר שתולים.

בשנים האחרונות הואץ העיור באגן, גדל השטח הבנוי והורחבה התשתית הפיזית על חשבון שטחים פתוחים וחקלאים. הדבר הביא להגדלה ניכרת של כמויות הנגר העילי הזורם לנחלים. תשתית הניקוז המבוססת בעיקרה על מערכת הנחלים הטבעיים, נפגעה קשות כתוצאה מתהליכים אלה.

הנחלים מהווים את מערכת הניקוז הטבעית של האגן ההיקוות שבו הם מתחתרים, וזרימתם משתנה ממקום למקום עקב אופיו של אגן ההיקוות, השיפוע האורכי, התכסית וחומרי הסחף בהתאם לאופיים וזמינותם להסעה.

ההתייחסות בעבר לנחלים הייתה כאל איום/מטרד שיש להפחית מעצמתו ולמזער את הנזקים לאדם. ההכרה היום היא שהנחל הוא גם בית גידול לצמחים ובעלי חיים, אלמנט נופי חשוב וייחודי ואתר לבילוי בחיק הטבע.

מדיניות רשות הניקוז בניהול האגן מכוונת להרחבת סל הפתרונות בעבודות ההסדרה והתחזוקה השוטפת של עורקי הניקוז, ומתבצעת באופן שבו התרומה לטבע ולאדם משולבות זו בזו. בין השאר פועלת רשות הניקוז לפתוח שבילים לרוכבי אופניים והולכי רגל לאורך הנחלים, לרווחת הציבור ומעודדת מיזמים חינוכיים הקשורים לנחלים.

תשומת לב מיוחדת מוקדשת לנושאי מיתון שיטפונות במעלה האגן באמצעות מפעלי ניקוז, לאיגום והשהיית נגר במעלה ומניעת הגדלת הנגר העילי כתוצאה מהבינוי, וכן לשמירה על הבריאות הציבור באמצעות מניעת כניסת שפכים שאינם מטופלים לרמה הולמת ושמירה על ניקיון התעלות.

בשנת 2006 הוסמכה רשות הניקוז ע"י מכון התקנים הישראלי לתקנים הבינלאומיים: ISO 9001:2008 – מערכת ניהול איכות, ו-14001:2004 - ISO ניהול מערכת איכות הסביבה.

במסגרת ההסמכה פרסמה הרשות מסמכי מדיניות לאיכות ומדיניות סביבתית.